北京市民委（市宗教局）设11个职能处室和机关党委。

（一）办公室：负责本机关政务工作；负责公文处理、议案、建议、提案和信访、档案、保密工作；以及重要会议的组织工作；负责重要文件和会议决定事项的督查工作；管理本机关和直属单位的涉外工作。

（二）政策法规处：起草有关民族、宗教方面的地方性法规、规章草案；对本部门制定的规范性文件进行合法性审核；调查研究有关法律、法规、规章和政策的执行情况；承办本机关行政复议、行政赔偿案件和行政诉讼的应诉处理工作；组织行政处罚听证工作。

（三）民族一处：贯彻执行党和国家的民族政策，依法保护本市少数民族公民的合法权益；协助有关部门培养、选拔民族工作干部，联系民族界人士；配合有关部门促进少数民族文化、体育、卫生事业的发展；协调民族关系，处理各族群众来信、来访和民族问题的突发事件。

（四）民族二处：配合有关部门推动城市、农村民族经济的发展和民族用品生产和经营；参与组织对民族地区的对口支援及经济技术协作。

（五）宗教一处：负责本市天主教、基督教工作；负责联系天主教、基督教界人士和信教群众；对有关重大问题进行调查研究；审批有关宗教活动场所的设立、终止、合并、迁移、变更等。

（六）宗教二处：负责本市佛教、道教工作；负责联系佛教、道教界人士和信教群众；对有关重大问题进行调查研究；审批有关宗教活动场所的设立、终止、合并、迁移、变更等。

（七）宗教三处：负责本市伊斯兰教工作；负责联系伊斯兰教界人士和信教群众；对有关重大问题进行调查研究；审批有关宗教活动场所的设立、终止、合并、迁移、变更等。

（八）宣传教育处：协调新闻、文化等部门开展民族、宗教宣传工作；参与制订民族、宗教院校教育的政策、措施；协助民族学校贯彻落实民族政策；协助宗教团体办好宗教院校。

（九）行财处：负责本机关行政、业务经费和民族地区一般补助费的预算、分配和使用；负责管理本机关及直属单位的固定资产；指导、检查、审计直属单位的财会工作；负责本机关行政事务。

（十）人事处: 负责本机关的人事管理工作；指导直属单位的人事管理工作；负责老干部工作；负责联系民委委员。

（十一）监察处：监督检查机关及其公务员贯彻落实党的路线方针政策，执行党的民族宗教政策，遵守国家法律、法规，执行市委、市政府决定、命令、工作部署的情况；廉政、勤政情况；群众关心的难点、热点问题解决情况；监督检查委（局）任命的其他工作人员履行职责及接受群众监督的情况；受理对委（局）机关和工作人员违反行政纪律行为的控告、检举；受理委（局）机关工作人员不服行政处分决定的申诉；调查委（局）机关及所属系统干部违反党纪政纪的案件。

机关党委。负责本机关及直属单位的党群工作。